您好，肯定是有的。
1、利率的差别
余额宝的利率是跟随市场变化的，但是变化幅度不大，一般在3%-4%之间，和投资者是否购买无关，投资者购买后每天可以看到收益，收益每天都会有小小的变动。
国债逆回购的利率也是随着市场变化的，但是投资者一旦购买之后，国债逆回购的利率就固定了，无论市场上国债逆回购的利率如何变化，和您购买的国债逆回购无关了，因此购买过的国债逆回购就像银行定期存款一样。
国债逆回购的利率波动幅度在0-50%之间，因此国债逆回购和余额宝比有更灵活的套利空间。短期国债逆回购利率波动大，投资者要选高避低；90天以上的国债逆回购一般都会超过余额宝的收益，因此，稳健投资者可以选择90天以上的国债逆回购。
2、购买方式的差别
余额宝通过支付宝购买，可以利用银行卡直接付账，也可以把资金充入账户余额后购买，投资者可以每天交易，但是利率计算是采用交易日T+1的方式。余额宝支持随时赎回，提现基本即时到账。
国债逆回购则需要通过证券账户交易，必须先把资金充入证券账户，然后购买。投资者需在正常交易日内进行交易，利率计算按交易日T+0的方式。
国债逆回购到期后本息回到投资者的证券账户，不影响投资者当日进行股票交易，但是提现需要到下一工作日才行。
由此可见，计息方式国债逆回购好一点，现金流动余额宝好一点。

3、投资品种的差别
余额宝就只有一种品种，买入后持有天数随意。
沪市和深市目前都有1天期、2天期、4天期、7天期、14天期、28天期、91天期、182天期九个品种。
从品种上看，余额宝比较像活期存款，国债逆回购比较像定期存款。
4、投资额度的差别
余额宝采取限购限额的方式，最高持有不能超过10万元，每天也限额购买，没有最低购买限额。
深证证券交易所国债逆回购最低购买1000元，无最高购买额度限制；上海证券交易所国债逆回购最低购买限额10万元，无最高购买额度限制。因此小额资金可以投资深市国债逆回购，但是深市国债逆回购收益率比沪市一边要略低一些。
5、投资风险的差别
余额宝作为货币基金，属于低风险投资产品。国债逆回购因为有国债做抵押，又有证券交易所做担保，因此属于极低风险产品。
6、投资标的的差别
余额宝投资的品种主要有：银行存款、国债、企业债券等等，因此余额宝的收益基本是固定的，收益基本上等于上述几类资产的加权平均利率，因此在年化3%-4%之间。
国债逆回购是以国债抵押的借款，其投资品种是国债，正常的利率就是国债利率，一般在年化5%左右。但是由于是借款，就存在议价的情况。市场资金充沛，正回购方议价能力就强，利率将会降低；市场资金紧张，逆回购方议价能力就强，利率就会上升。这也就是国债逆回购一般在月末、季末、年末利率都比较高的原因，因为此时和大银行要进行资金考核，现金流紧张，必然催生国债逆回购利率上涨。