最早的对冲基金是哪一支，这还不确定。在上世纪20年代美国的大牛市时期，这种专门面向富人的投资工具数不胜数。其中最有名的是Benjamin Graham和Jerry Newman创立的Graham-Newman Partnership基金。

2006年，Warren Buffett在一封致美国金融博物馆(Museum of American Finance)杂志的信中宣称，上世纪20年代的Graham-Newman partnership基金是其所知最早的对冲基金，但其他基金也有可能更早出现。

在1969-1970年的经济衰退期和1973-1974年股市崩盘时期，很多早期的基金都损失惨重，纷纷倒闭。上世纪70年代，对冲基金一般专攻一种策略，大部分基金经理都采用做多/做空股票模型。70年代的衰退时期，对冲基金一度乏人问津，直到80年代末期，媒体报道了几只大获成功的基金，它们才重回人们的视野。

90年代的大牛市造就了一批新富阶层，对冲基金遍地开花。交易员和投资者更加关注对冲基金，是因为其强调利益一致的收益分配模式和"跑赢大盘"的投资方法。接下来的十年中，对冲基金的投资策略更加层出不穷，包括信用套利、垃圾债券、固定收益证券、量化投资、多策略投资等等。

21世纪的前十年，对冲基金再次风靡全球，2008年，全球对冲基金持有的资产总额已达1.93万亿美元。然而，2008年的信贷危机使对冲基金受到重创，价值缩水，加上某些市场流动性受阻，不少对冲基金开始限制投资者赎回。[