港股通交易中存在特殊的停牌制度和复牌规则，具体如下：
停牌制度
上市公司主动停牌：当公司有重大事项披露，如资产重组、并购、定增、股权变动、重大合同签署等，或握有避免其证券出现虚假市场所需的资料，或合理地相信有根据内幕消息条文必须披露的内幕消息等情况时，上市公司可主动申请停牌。
联交所指令停牌：如果上市公司未能遵守《上市规则》的规定且情况严重，如财务造假、信披违规；股票的公众持股量不足；进行的业务活动或拥有的资产不足以保持其证券继续上市；公司全部或大部分的资产为现金或短期证券而被视为现金资产公司等，联交所会指令其停牌。此外，若公司股价及成交量出现异常波动，联交所也可能要求公司停牌。
复牌规则
一般复牌情况：当上市公司发出适当的公告后，或当初要求其停牌的具体理由不再适用时，联交所通常会让公司复牌。
特殊复牌情况：如果公司停牌是因为违反《上市规则》等严重问题，那么复牌需满足联交所提出的一系列整改要求，持续停牌可能直到上市公司符合所有有关复牌的规定为止。按照规定，上市公司应在公布停牌理由时预计复牌时间，若联交所认为公司停牌超过完全必要的时间，妨碍市场正常运作，有权指令停牌中的证券复牌，除非上市公司能提交适当理由或材料，令联交所确信继续停牌是适当的。
此外，对于长期停牌的主板上市公司，若其证券已停牌6个月或以上且又未能符合有关主板《上市规则》的规定，将进入除牌程序，在不同阶段有相应的复牌要求，若最终未能提交可行的复牌建议，上市公司的上市地位将会被取消。