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由于套利策略具有不稳定，流动性大，变化快，具有一定的风险。跨期套利策略是针对不同股指期货合约间价差进行的交易，考虑到价差运行的不确定性，投资者需要对不同到期月的股指期货合约价差及价差的运行进行预测，因而，这种套利形式不是无风险套利。价差运行的方向与投资者预测方向一致，则跨期套利交易就可盈利，反之则亏损，因而，跨期套利具有一定投机。
跨期套利策略存在风险，但相关风险远小于纯粹的投机交易。因为跨期套利策略是利用不同到期月份期货合约的价差变化，买入某月到期的期货合约，同时卖出另一个月到期的期货合约，即跨期套利持有的是方向相反、数量相同的两份合约。在估计跨期套利边界中，有一些参数是无法准确设定的，这样就会对套利造成一定风险。对于风险承受能力较小的投资者而言，建议在价差达到一定程度后再进行套利。

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