国债逆回购的手续费是按成交金额和交易期限分档收取的，费率随期限延长而递增。目前主流标准为：1天期费率为成交金额的0.001%（即万0.1），2天期为0.002%（万0.2），3天期为0.003%（万0.3），7天期为0.005%（万0.5），14天期为0.01%（万1），28天期约为0.02%（万2），91天及182天期一般为0.03%（万3）。例如，用10万元做1天期逆回购，手续费为100,000 × 0.001% = 1元；做7天期则为5元。手续费仅在初始操作时单向收取，到期本息自动到账，不再另收费。值得注意的是，不同证券公司可能在此基础上设定自己的收费标准，但整体框架一致。部分券商对活跃客户或新用户提供折扣，但无论是否优惠，该费用均属于交易佣金性质，实际执行中需以开户券商公示为准。
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