港股通投资者在行使港股通股票的股东权利时，与直接持有港股的投资者存在以下不同：
股东身份体现不同：港股通投资者的股票由中国结算在香港结算开立的证券账户中代为持有，以香港中央结算（代理人）有限公司的名义出现在港股上市公司的股东名册中。直接持有港股的投资者则直接以自己的名义登记在股东名册上。
行使权利方式不同：港股通投资者需通过中国结算代其行使相关股东权利，如权益分派、投票、供配股认购等，投资者要向指定的证券公司表达意愿，由中国结算汇总后向香港结算办理。直接持有港股的投资者可直接通过自己的券商或直接联系上市公司等方式行使股东权利。
申报时间不同：港股通投资者的申报时间截止日期通常比直接持有港股的投资者更早。
投票规则略有不同：港股通投资者对于同一项议案，可以同时投赞成、反对和弃权票（如有）；港股投票业务存在无股权登记日的情形，港股通投资者各类票数总额超过投票登记日或者香港结算投票截止日持有数量的，中国结算以实际持有为基数按比例分配。
分红纳税不同：港股通投资者通过港股通获得股票分红，涉及20%的个人所得税，由港股通作为代扣义务人扣除。而直接持有港股的投资者，若投资非中国公司股票，通常无红利税；投资中国公司股票，中国企业向其分红时，需支付10%的预提所得税。