机构客户通过集团账户合并计算佣金优惠，一般是这样操作的。首先，集团要和证券公司达成相关协议，明确以集团账户形式合并旗下多个账户交易情况来计算佣金优惠。

接着，证券公司会对集团内各个关联账户的交易金额、交易量等数据进行统计汇总。依据事先约定的规则，比如交易总量达到一定规模或者交易金额满足某个标准，就可以享受对应的佣金优惠档次。

这个过程中，集团需配合证券公司做好账户关联和数据核对工作，确保准确统计。

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