沪深两市国债逆回购的门槛目前均为 1000 元起，以 1000 元的整数倍递增，这一点上没有区别。
不过，沪深两市国债逆回购在其他方面存在一些不同：
交易代码：沪市国债逆回购代码以 “GC” 开头，如 GC001 表示一天期；深市国债逆回购代码以 “R-” 或 “R” 开头，如 R-001 表示一天期。
交易时间：沪市为 9:30-11:30、13:00-15:00，与股票交易时间一致；深市为 9:15-11:30、13:00-15:30，比沪市早 15 分钟开盘，晚 30 分钟收盘。
申报数量限制：沪市逆回购单笔申报最大数量不超过 1 万手；深市没有最高限额限制。
市场规模与流动性：一般来说，沪市的市场规模相对较大，流动性也相对较好，机构投资者参与度较高；深市相对规模较小，流动性稍弱，但对于小额投资者来说，交易的活跃度也足够满足需求。
资金到账时间：沪市到期日（T 日）资金可用不可取，T+1 日可取；深市到期日资金可用且可取，资金使用更灵活。
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