北交所和沪深交易所在组织制度、服务对象、公司来源、投资者结构、交易地点、上市企业、交易规则等方面有所不同：

组织制度不同：北交所是公司制，沪深交易所是会员制。

服务对象不同：北交所主要服务创新型中小企业，专精特新中小企业。沪深交易所服务所有符合上市条件的企业。

公司来源不同：北交所公司来源主要是新三板创新层、基础层。沪深交易所的来源是全国范围。

投资者结构不同：北交所以机构投资者为主，北交所服务的中小企业特点与投资者定位相适应。沪深交易所账户持有人以散户为主，占97%。

交易地点不同：北京证券交易所；上海证券交易所在上海证券交易所交易，深圳证券交易所在深圳证券交易所交易。

上市企业不同：在北京证券交易所上市的企业以科技型中小企业为主；沪深交易所主板的企业主要是成熟企业。

交易规则不同：北京证券交易所实行T+1交易，股价上限为30%。IPO首日没有价格限制，但有临时停牌机制。当价格区间达到30%和60%时，交易将分别暂停10分钟。沪深两市已实行T+1交易。沪深两市股票涨跌限制在10%，创业板和科创板股票涨跌限制在20%。沪市上市首日新股涨跌达到规定上限，停牌30分钟。当新股在深市上市首日盘中涨幅与开盘涨幅之差首次达到10%时，交易所将临时停牌30分钟，创业板和科创板新股盘中涨幅与开盘涨幅之差首次达到30%，停牌10分钟。如果复牌后涨跌幅达到60%，则再暂停10分钟。不过不管停牌多长时间，都要在14:57恢复交易。

信披制度不同：北交所的发行、上市、交易和信托制度更针对创新型中小企业的特点。沪深交易所的信托制度对于主板和创业板的高科技公司和高成长性公司来说更为普遍。

管理系统不同：北交所、新三板和证券对市场内外市场实施一体化管理。被选中的曾平搬到了北交所成为证券上市公司，挂牌公司变成了上市公司。新三板的基础层和创新层还是全国证券地方，也就是场外市场，公司是上市公司。转让公司统筹北交所和新三板的建设和发展实行一体化管理和独立经营。

转板制度不同：北交所和新三板之间有着密切的关系。

退市体系不同：北交所应构建多元化的退市指数体系。

总的来说，北交所和沪深交易所在多个方面存在差异，这些差异使得它们各自具有不同的特点和服务对象。投资者在选择投资标的时，需要充分了解这些差异，并根据自己的投资目标和风险承受能力做出合适的选择。