港股通手续费与A股手续费相比，存在一些差异。A股的交易费用主要包括佣金、印花税和过户费。其中，佣金费率一般不高于成交金额的3‰，最低5元起，印花税为成交金额的0.05‰，仅在卖出时收取，过户费为成交金额的0.01‰，沪市双向收取 。
港股通的交易成本则包括佣金、印花税、交易征费、交易费、交易系统使用费（暂不收取）、股份交收费、香港财务汇报局交易征费和证券组合费 。具体来说，港股通的印花税为成交金额的0.1%，交易征费为成交金额的0.0027%，交易费为成交金额的0.00565%，股份交收费为成交金额的0.002%，最低2港元，最高100港元，证券组合费按持有港股市值的一定比例每日计收 。
此外，港股通交易的佣金费率由各券商自主设定，一般为万分之2.5，不高于成交金额的千分之三，双边收取 。而A股的佣金费率可以与券商协商，一般为0.02%-0.03%，资金量大可以谈到0.015% 。
需要注意的是，港股通交易的成本中还可能包括一些其他费用，如交易系统使用费和会财局交易征费等，这些费用在A股交易中通常不涉及。同时，港股通交易的汇率风险也需投资者自行承担 。

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