港股通手续费与A股相比，存在以下主要不同：

1. 佣金费率：港股通的佣金费率通常较低，且可能因券商和交易量不同而有所差异，一般在万分之3到千分之一之间。而A股市场的佣金费率普遍较高，通常在千分之二到千分之三之间，但投资者可通过与券商协商降低至万分之三左右。

2. 印花税：港股通的印花税为交易金额的0.1%，双向收取，且可能根据市场情况有所调整。而A股市场的印花税为成交金额的0.1%，仅在卖出时收取。

3. 其他费用：港股通还涉及交易征费、交易费、交易系统使用费、股份交收费和证券组合费等额外费用，这些费用在A股市场中相对较少见或标准不同。A股市场主要收取过户费，费用标准相对较低。

综上所述，港股通在佣金费率和费用构成上与A股存在显著差异，投资者在选择投资渠道时需充分考虑这些成本因素。

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