购买理财产品后，发现持有的份额少于本金，这可能是由于以下几个原因造成的：

净值高于1元：理财产品的持有份额是根据购买金额和产品的单位净值来计算的。如果理财产品的单位净值高于1元，那么用相同的本金购买的份额就会少于本金数额。例如，如果理财产品的单位净值为1.5元，投资者投入10000元，那么最终获得的份额就是10000除以1.5，约为6666.67份，少于投资者投入的本金金额。

手续费、交易费用和税费：在购买理财产品时，投资者通常需要支付一定的交易费用，如佣金、印花税等。此外，如果投资收益需要缴纳资本利得税或股息税，这些费用也会从投资收益中扣除，从而影响最终的投资回报。这些费用的扣除会导致实际投资的金额减少，从而使持有的份额少于本金。

管理费用：对于基金或受托管理的投资组合等理财产品，投资者通常需要支付管理费用。这些费用是根据管理资产的百分比计算的，并会定期从投资金额中扣除，从而降低了投资的价值，也可能导致持有的份额少于本金。

投资损失：投资市场存在波动，有时投资可能会亏损。如果投资表现不佳，投资者可能会看到其投资本金减少，从而导致持有的份额价值减少，虽然份额数量可能不变，但相对于本金来说，份额的价值已经减少。

分红和利润再投资：如果投资者选择将分红和利润再投资到原始投资中，这可能会增加持有的份额。但如果投资者选择将这些资金提取出来，那么在不考虑市场波动的情况下，仅从分红和利润再投资的角度来看，提取资金后持有的份额可能会少于最初的本金（但通常这种情况会与其他因素如市场波动、净值变化等同时发生）。

综上所述，购买理财产品的持有份额少于本金可能是由于产品的单位净值高于1元、手续费和税费等费用的扣除、管理费用的支出、投资损失以及分红和利润再投资的选择等多种因素共同作用的结果。投资者在购买理财产品时，应充分了解产品的特点和风险，根据自身需求和风险承受能力做出投资决策，并关注产品的净值变化和费用情况。