国债逆回购在沪深两市存在以下区别：

交易代码不同：上海证券交易所（简称上交所）的国债逆回购代码以GC开头，而深圳证券交易所（简称深交所）的国债逆回购代码以R开头。需要注意的是，GC开头的代码并非只在沪市使用，部分深市的国债逆回购也使用GC开头的代码。

门槛不同：上交所的国债逆回购门槛 ⁇ 以下是上海证券交易所和深圳证券交易所在国债逆回购业务方面的一些主要区别：

交易品种和门槛：上海证券交易所的国债逆回购品种较多，包括GC系列、R系列等，而深圳证券交易所的国债逆回购品种较少，主要有R-001、R-002、R-003等。在门槛方面，上交所的国债逆回购门槛较低，参与者最低申报单位为100手，而深交所的国债逆回购门槛较高，参与者最低申报单位为10张。

交易规则：在交易规则方面，上海证券交易所的国债逆回购交易规则较为复杂，需要遵守时间优先、价格优先等原则，而深圳证券交易所的国债逆回购交易规则相对简单，时间优先原则更为重要。