上交所和深交所主要是这几点不同：股票代码不一样，上交所股票代码以6开头，全部都属于主板;深交所股票分为三类：以000，001开头的是深圳主板，以002开头的为中小板;以300开头的为创业板。开户门槛不一样，上交所开通即可交易所有上交所上市的股票，深交所创业板需要满足条件单独开通。上市的公司规模不一样，大盘股一般在上交所上市，中小盘股一般在深交所上市，尤其重视中小企业板块。

新股申购中签股数不一样，上交所每1万元市值配给一个签，一个签对应1000股(科创板的股票，则1万市值给两个签，每个签500股);深交所每1万元配给两个签，一个签对应500股。集合竞价时间不一样，上交所的集合竞价时间是交易日的9：15-9：25，深交所集合竞价是交易日的9：15-9：25(开盘集合竞价时间)，14：57-15：00(收盘集合竞价时间)。股票交易过户费规定不一样，上交所股票过户会收取1元的过户费，深交所是没有过户费的。

综合来看，上交所与深交所的区别是很小的，都是一些小细节的事情，不像上交所与创业板或者是深交所与创业板的区别那么大，若是打算买股票，可以通过其股票代码前缀就知道是上交所的股票还是深交所的股票，二者的股票交易规则是一样的，牵扯到投资者利益的仅仅是一个过户费。