中证1000和中证500的主要区别是在样本股的选择上面，它们两者之间并不是包含的关系而是层层递进的关系。其中中证1000指数是由全部A股中剔除掉沪深300和中证500指数成份股后，规模偏下且流动性好的1000只股票组成。而中证500指数是在沪深两市剔除沪深300指数的样本股之后，选择规模大、流动性好的最具有代表性的500只证券组成的指数，成分股集中在新兴行业中的头部公司。除此之外，在大板块方面，相对于中证500，中证1000指数在周期、新能源上占比更高、而金融消费则占比更低。