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主资金账户和辅资金账户的主要区别在于它们的功能定位、使用权限以及与证券或资金交易的核心关联程度。

主资金账户通常是投资者在证券公司开设的核心账户，用于管理其证券交易的主要资金，是进行股票、基金等证券买卖的主要资金来源与结算账户。它直接与投资者的身份信息绑定，是进行证券开户、银证转账、交易结算和资产管理的核心账户，具有完整的交易与资金管理权限，也是监管和合规要求下的主要记录账户。

辅资金账户则是辅助性的资金管理工具，一般用于资金的分类管理或特定用途，比如进行资金的隔离、特定投资项目的资金安排等。它通常不能独立进行证券交易，而是与主资金账户关联，资金可以在主辅账户之间划转，但交易行为一般要通过主账户来完成。辅账户更多起到资金调配、管理或辅助核算的作用，权限和功能相对有限。

简单来说，主资金账户是投资者进行证券交易和资金管理的“主账户”，具有全面的功能和权限；辅资金账户则是“辅助账户”，用于配合主账户进行资金的细分管理或特定用途，不能独立完成交易，更多是起到辅助作用。