一是交易日和交易时间，港股通将仅在深港两地均为交易日并且能够满足结算安排时开通。深交所证券交易服务公司将于每年年末在指定网站公布下一年港股通交易日历安排。深港通开通当年的交易日安排将在开通前向市场公布。
如果发生深交所证券交易服务公司认定的特殊情形，导致或者可能导致港股通交易无法正常进行的，那么深交所证券交易服务公司可以调整港股通交易日并向市场公布。
投资者买卖港股通股票的交易时间应遵守联交所规定，即交易日的9:00至9:30为开市前时段（集合竞价），其中9:00至9:15接受竞价限价盘申报；9:30至12:00及13:00至16:00为持续交易时段（连续竞价），接受增强限价盘申报，16:00-16:10为收市竞价交易时段（于16:08-16:10之间随机收市），16:01开始接受竞价限价盘申报。如果圣诞前夕（12月24日）、新年前夕（12月31日）及农历新年前夕（农历腊月最后一天）为交易日，上述日期为半天交易。
二是交易方式和订单类型。港股通投资者的交易委托包括整手交易和碎股（即不足一个买卖单位的证券）交易。其中，整手交易通过联交所自动对盘系统进行，碎股只能通过联交所半自动对盘碎股交易系统卖出且不可以买入。投资者参与联交所自动对盘系统交易港股通股票时，在竞价时段（含开市前时段和收市竞价时段）应当采用“竞价限价盘”委托；在持续交易时段应当采用“增强限价盘”委托。
三是订单更改。投资者的港股通订单如果已经申报的，不得更改申报价格或数量，但在联交所允许撤销申报的时段内，未成交的申报可以撤销。联交所市场允许港股通投资者撤销申报的时段包括：9:00-9:15；9:30-12:00；12:30-16:00；16:01-16:06。
四是回转交易。交易方面，香港市场实行T+0回转交易，投资者当日买入的港股通股票，经确认成交后，在交收前即可卖出。交收方面，香港市场实行T+2交收，即T日买入港股的港股通投资者，T+2日日终完成交收后才可以享有相关证券的权益，但投资者买入的港股通股票是可以在交收前的T日及T+1日卖出的。因此投资者应注意由此可能产生的风险。
五是交易信息。投资者通过港股通业务获得的香港证券市场免费一档行情，与付费方式获得的行情相比，在刷新频率、档位显示等方面存在差异，投资者应当关注依此进行投资决策的风险。
六是权益证券处理。投资者因港股通股票权益分派、转换、上市公司被收购等情形或者异常情况，所取得的联交所上市非港股通证券，只能通过港股通卖出，但不得买入，深交所另有规定的除外；因港股通股票权益分派或者转换等情形取得的联交所上市股票的认购权利在联交所上市的，可以通过港股通卖出，但不得行权；因港股通股票权益分派、转换或者上市公司被收购等所取得的非联交所上市证券，可以享有相关权益，但不得通过港股通买入或卖出。