1)、发行主体差别。企业债是由中央政府部门所属机构、国有独资企业或国有控股企业发行的债券，它对发债主体的限制比公司债窄很多；公司债由股份有限公司或有限责任公司发行的债券，范围相对较广泛。
2）、发债资金用途差别。企业债主要限制在固定资产投资和技术革新改造方面，并与政府部门的审批项目直接相关；公司债主要用途包括固定资产投资、技术更新改造、改善公司资金来源结构、调整公司资产结构、降低公司财务成本、支持公司并购和资产重组等。
3）、信用来源差别。企业债仅通过“国有”（即国有企业和国有控股企业等）机制贯彻了政府信用，而且通过行政强制落实担保机制，实际信用级别与其他政府债券大同小异；公司债的信用来源是发债公司的资产质量、经营状况、盈利水平和持续盈利能力等。
4）、发债额度差别。企业债的发债数额一般不低于10亿元；公司债的发债额度最低限大致为1200万元和2400万元，门槛相对较低。(这个门槛是前几年的规定，现在规则可能已经有所改变)
5）、管制程序差别。企业债发债由国家发改委和国务院审批，要求银行予以担保；一旦债券发行，审批部门则不再对发债主体的信息披露和市场行为进行监管；公司债监管机构往往要求严格债券的信用评级和发债主体的信息披露，特别重视发债后的市场监管工作。
6）、市场功能差别。企业债受到行政机制的严格控制，每年的发行额远低于国债、央行票据和金融债券，也明显低于股票的融资额；公司债是各类公司获得中长期债务性资金的一个主要方式。