新三板创新层和基础层在多个方面存在显著差异，这些差异主要体现在上市门槛、投资者适当性要求、挂牌方式、发行方式、企业质量、融资能力、发展潜力、投资价值、流动性以及监管要求等方面。以下是详细的比较：

1. 上市门槛
基础层：上市门槛相对较低，企业可以通过简化的审核程序和条件进行挂牌。这通常适用于市值较小、业务较为简单的企业。
创新层：上市门槛较高，需要满足更严格的条件，包括财务指标、产权结构、信息披露等方面的要求。这些条件旨在筛选出具有较强创新能力和市场竞争力的企业。
2. 投资者适当性要求
基础层：对投资者的适当性要求较低，任何合格投资者都可以进行交易。
创新层：对投资者的适当性要求较高，投资者需要满足一定的净资产或年收入要求才能进行交易。这有助于保护投资者免受高风险投资的影响。
3. 挂牌方式
基础层：采用自愿申请挂牌的方式，企业可以根据自身需求和条件选择是否挂牌。
创新层：则采用邀请制，需要新三板挂牌公司的推荐或邀请才能进入创新层。这种制度有助于确保创新层企业的整体质量。
4. 发行方式
基础层：股票可以通过定向增发、可转债等方式进行发行。
创新层：更注重对科创企业的支持，提供了更多的融资渠道，如定向增发、股权激励等。这有助于创新层企业更好地满足其资金需求。
5. 企业质量、融资能力、发展潜力与投资价值
创新层：企业在盈利能力、成长性和市值规模等方面相对较好，符合一定标准的优质企业。这些企业的融资能力较强，平均融资性现金流更高，有利于降低公司的资产负债率。同时，创新层企业具有较高的成长性，有望实现持续的发展，因此其投资价值也相对较高。
基础层：则包含未达到创新层标准的企业。这些企业的融资能力相对较弱，发展潜力相对较低，但也在一定程度上具有投资价值。
6. 流动性
创新层：企业的交易流动性相对较好，有助于投资者更好地买卖股票。
基础层：企业的流动性相对较弱，市场成交量和活跃度较低。
7. 监管要求
创新层：企业需要满足更为严格的监管要求，以确保企业质量。这包括更严格的信息披露要求、更频繁的监管检查等。
基础层：企业的监管要求相对较宽松。
8. 晋升和降级

全国股转系统会定期对分层进行调整。表现优秀的企业可以从基础层晋升到创新层，反之，创新层企业若不符合标准则可能降至基础层。这种动态调整机制有助于保持新三板市场的整体质量和活力。

综上所述，新三板创新层和基础层在上市门槛、投资者适当性要求、挂牌方式、发行方式、企业质量、融资能力、发展潜力、投资价值、流动性以及监管要求等方面存在显著差异。投资者在选择投资层级时，应综合考虑自身的风险偏好和投资目标，以及各层级的特点和优势。