权证是指标的证券发行人或其以外的第三人发行的，约定持有人在规定期间内或特定到期日，有权按约定价格向发行人购买或出售标的证券，或以现金结算方式收取结算差价的有价证券。
1、标准化程度不同：
股票期权是由交易所设计的标准化合约；权证是非标准化合约，由发行人确定合约要素，除上市公司和证券公司独立创设外，还可以作为可分离债的一部分一起发行。
2、发行主体不同：
股票期权没有发行人，每位市场参与者在有足够保证金的前提下都可以是期权的卖方；权证的发行主体主要是上市公司、证券公司或大股东等第三方。
3、合约主体不同：
股票期权的合约主体是期权的买方和卖方，权利方和义务方是不特定的；而权证的合约主体是发行人和买方，因此义务方是特定的（即发行人）。
4、持仓类型不同：
在股票期权交易中，投资者既可以开仓买入期权，也可以开仓卖出期权；对于权证，投资者只能买入。
5、履约担保不同：
期权交易的卖出开仓一方因承担义务需要缴纳保证金（保证金数额随着标的证券市值变动而变动）；权证交易中发行人以其资产或信用担保履行。
6、交易方式不同：
股票期权采取期货的交易方式，一个重要特征是保证金交易；而权证则与股票、债券等品种保持一致，实行现货交易方式。
7、行权后效果不同：
认购期权或认沽期权的行权，仅是资产在不同投资者之间的相互转移，不影响上市公司的实际流通总股本数；对于上市公司创设的权证，当认购权证行权时，其发行公司必须按照认购权证上规定的股份数目增发新的股票份数，也就是说认购权证每被执行一次，该公司的实际流通总股本数都会增加。