ETF 基金交易佣金和股票佣金规则大体相近，但费用组成存在明显区别，综合交易成本并不相同。二者在佣金收取方式、收费上限以及单笔最低收费标准上遵循统一行业规则，日常开户默认佣金标准也基本持平，不少投资者会误以为两者费用完全一致，实际细分项目有明确差异。
二者最核心的区别集中在附加税费上。股票交易除佣金外，卖出环节会单独计收印花税，这是股票交易主要的额外支出。而场内 ETF 交易全程不收取印花税，仅计收佣金与市场规定的少量固定费用，整体费用结构更为简单。同时两市 ETF 过户费执行标准也和股票略有区分，进一步拉开了两者的交易成本差距。
在费率协商与实操层面也存在不同。多数券商针对 ETF 会推出专属优惠费率，相比股票佣金更容易协商下调。两者同样执行单笔交易最低收费要求，小额交易时费用差异并不突出，但若进行高频或者大额交易，ETF 免去印花税的优势会充分体现，长期交易能节省不少开支。