撤销上海账户指定交易申请一般需在交易时间办理。办理方式有以下几种：
1. 券商官网或APP：登录您开户券商的官方网站或交易APP，在账户管理或业务办理相关板块中，找到指定交易撤销的选项，按照系统提示操作。
2. 电话委托：拨打券商的客服电话，通过人工客服告知要撤销上海账户指定交易申请，客服会指导完成相关操作。
3. 营业部柜台：携带本人有效身份证件前往开户券商的营业部柜台，向工作人员提出撤销申请，工作人员会协助办理。

需注意，不同券商的具体操作流程可能存在差异。若操作中遇到问题，可随时联系券商的客服人员咨询。

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