在手机上注册证券公司低手续费账户，可以通过以下步骤实现：

联系客户经理：通过正规渠道联系证券公司的客户经理，可以利用公司官方微信公众号或官网导航。提前沟通你的资金量和交易需求，以便协商一个合适的佣金费率。客户经理会提供专属的开户链接或二维码。

准备材料：确保你有本人有效的二代身份证和一类银行卡，例如工商银行或建设银行等主流银行的卡。身份证照片要清晰并无反光，以确保信息录入准确。

完成开户：使用客户经理提供的专属链接下载证券公司的官方APP。在APP中按照提示步骤上传身份证件，填写个人信息，然后完成风险测评和视频认证。绑定银行卡之后提交开户申请，一般1-2个工作日内会完成审核。

确认费率：开户成功后，可以通过小额交易查看交割单，确认佣金费用是否符合之前的协商。如果发现佣金不一致，应及时联系客户经理进行调整。

通过以上步骤，可以有效地在手机上注册证券公司低手续费账户，享受更优的交易条件。