从意义上来讲，科创板和新三板的设立，都是为了弥补我国资本市场的“短板”。新三板是为中小微企业打开了融资渠道。而科创板是要补齐科技创新企业上市融资这个短板，特别面向高新技术产业和战略性新兴产业。

但是，细说起来，二者的区别还不小：

一是股票的发行方式不同。新三板实行的是准注册制，上市之初对挂牌企业的行业并没有明确限制，相当于是注册制的“先行者”和“试验田”。而这次科创板将要试行注册制，是中国资本市场基础制度改革创新的“试验田”，将开辟出一条创新性的路径。

二是参与主体投资者不同。投资科创板的门槛是50万资产+2年交易经验，相比于新三板的500万门槛低了很多，所以说科创板的参与主体范围更大，活跃度更强。

三是交易方式不同。新三板采用的是做市转让和协议转让，相当于场外交易市场，而科创板则设立在上交所，和主板、中小板一样，是一个场内交易的股票板块，相当于上交所的“创业板”。二者的流动性不可同日而语，科创板将会更好的解决中小型科技创新型企业的融资问题。