若预计发行后总市值与申报时市值评估结果存在重大差异，可按以下步骤处理。

首先，进行全面复盘。组织专业的金融、财务人员重新审查申报时市值评估的各个环节，包括采用的评估方法、数据来源、假设条件等，找出导致差异的具体原因，比如是市场环境突变、评估模型不合理，还是企业自身业务状况发生变化等。

接着，与监管机构沟通。及时将市值差异情况和复盘结果如实报告给相关监管机构，咨询监管意见，了解后续处理的合规要求和方向，避免因信息不透明引发监管风险。

然后，调整发行策略。如果差异是因为市场因素导致估值过高，可考虑适当降低发行价格或减少发行量，以更符合市场预期，提高发行成功率；若因企业自身发展向好等因素使实际市值可能更高，可在合规前提下，向投资者充分说明企业价值，争取支持。

最后，持续信息披露。向投资者、股东等利益相关方详细解释市值差异的原因和应对措施，增强信息透明度，稳定市场信心，避免因信息不对称导致股价波动等不利影响。