1、从投资标的来看，ETF联接基金以对应的目标ETF为投资标的，因此预期年化预期收益、风险特征也来自于目标ETF。而FOF则一般将多只基金捆绑在一起，等于同时投资了多只基金，为了规避风险，除股票基金外，通常还配置一定的货币或者债券型基金，预期年化预期收益、风险也都相对较低。
2、ETF联接基金与FOF对管理费的计提也有不同规定。按照证监会的规定，为避免重复收费，基金管理人和托管人不得对ETF联接基金资产中投资目标ETF的部分计提管理费和托管费;而FOF则是在基金手续费基础上实行二次收费。
3、ETF与FOF的申购门槛也完全不同。由于FOF是由除基金公司之外的其他理财机构来发行的，其申购金额起点基本在万元以上，而ETF联接基金由基金公司自身发行，是一只独立的基金，申购下限基本上为1000份。此外，FOF的开放期不尽相同，包含一个季度开放一周和一个星期开放一日两种模式，其他的时间则无法进行申购赎回;而ETF联接基金跟一般开放式指数型基金一样，在交易日都可以进行交易。
4、联接基金还是一只开放式指数基金，其投资目标是拟合市场指数预期年化预期收益，属于被动投资产品，和目前市场看到的指数基金的差异不是很大，也是在银行等渠道进行认购、申购和赎回等。但是，该产品毕竟是一只创新型的产品，其创新点在于通过将资产配置在指定的ETF上来实现指数的预期年化预期收益。这样的形式有可能进一步降低交易成本，从而快速有效的获取市场指数预期年化预期收益，同时也为投资者提供了多样化的投资选择，满足了投资者间接投资ETF市场的需求。
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