在无锡市开通股票质押式回购交易权限时，可通过以下方式合理控制风险。

首先，要充分了解业务规则，熟悉股票质押式回购交易的流程、条款、费用等细节，比如知晓违约处置的具体方式和期限，避免因对规则不熟悉而带来风险。

其次，做好股票筛选。对质押的股票进行全面评估，关注其基本面，选择业绩稳定、行业前景好、流动性强的股票。避免质押那些业绩差、存在重大违法违规或有退市风险的股票。

再者，合理确定质押率。根据股票的波动情况和市场环境，与交易对手协商一个合适的质押率。波动大的股票质押率要相对低一些，防止因股价大幅下跌导致担保不足。

然后，密切关注市场动态和股票价格变化。设置好预警线和平仓线，当股价接近预警线时，及时采取追加保证金或补充质押物等措施，以维持足够的担保比例。

最后，要建立科学的风险管理体系，对交易进行全面的风险评估和监测，定期对交易情况进行复盘和总结，不断完善风险控制措施。同时，与专业的金融机构合作，借助其专业知识和经验来把控风险。