手机开户比营业厅开户的佣金低，主要有以下几个原因：

成本较低：通过手机开户，券商可以减少人力、物力等成本，降低了运营费用。因此，券商可以将这些节省下来的成本部分转化为对客户的优惠，以较低的佣金吸引更多的客户。

便捷性和效率：手机开户过程相对简单快捷，客户可以随时随地完成开户操作。这种便捷性和高效性不仅提高了客户的体验，也减少了券商的资源消耗和管理成本。

市场竞争：随着互联网金融的发展，越来越多的券商提供手机开户服务，市场竞争激烈。为了吸引更多的客户，券商通常会在佣金上做出让步，以低佣金作为竞争优势。

客户获取策略：通过手机开户，券商可以更容易获取大数据，了解客户的行为和需求，从而进行精准营销和服务。低佣金作为一种吸引客户的策略，有助于券商扩大客户基础。

客户经理服务：在营业厅开户通常会配备客户经理提供一对一服务，这也意味着更高的服务成本。而手机开户大多数情况下是自助完成的，不需要客户经理的介入，服务成本相对较低。

综上所述，手机开户的低佣金既是券商降低成本和提升效率的结果，也是市场竞争和客户获取策略的体现。