沪港通和深港通的手续费没有明显的高低之分。二者的收费标准基本相同，具体如下：
1. 印花税：双边，按成交金额的0.1%计收（取整到元，不足1元按1元收取）。
2. 交易征费：双边，按成交金额的0.0027%计收，四舍五入至小数点后两位。
3. 财汇局交易征费：双边，按成交金额的0.00015%计收，四舍五入至小数点后两位。
4. 交易费：双边，按成交金额的0.00565%计收，四舍五入至小数点后两位。
5. 股份交收费：双边，按成交金额的0.002%计收，每边最低2港币，最高100港币（四舍五入至小数点后两位）。
6. 证券组合费：根据持有港股的市值不同，设定不同的年费率。
7. 佣金：通常不高于成交金额的0.3%，具体费率由证券公司确定。

不过，有观点认为沪港通的手续费可能略低。这主要体现在沪港通购买港股或外资股的佣金相对较低，印花税少万分之二，交易过户费也低于深港通。但这些差异并非绝对，具体的手续费还会受到券商、交易金额等多种因素的影响。