ETF基金有两种交易方式，
一种使用A股股东账户或证券投资基金专用账户，在交易系统的“股票”栏目，买卖ETF基金，按基金实时价格成交；
另一种通过专门的软件进行ETF基金申赎，不过申购赎回必须以一篮子股票（或有少量现金）换取基金份额或者以基金份额换回一篮子股票（或有少量现金）。

由于同时存在二级市场交易和申购赎回机制，投资者可以在ETF二级市场交易价格与基金单位净值之间存在差价时进行套利交易。二级市场买入ETF份额，T＋1交易日可卖出；申购ETF份额或用ETF份额换取的股票，T＋0即可卖出，但一般ETF基金最小申赎单位为50万份或100万份，适用于资金量较大的投资者进行套利交易。

二级市场买卖ETF收取交易佣金，最高不超过成交金额的0.3%，起点为5元。ETF套利时收取费用如下，
申购-卖出时收取：买入股票的费用＋申购费和组合证券过户费＋卖出etf费用；
买入-赎回时收取：买入etf的费用＋赎回费和组合证券过户费＋卖出股票的手续费。