专项融券和普通融资融券都是融资融券交易的一种，但它们在以下方面存在区别：
融券来源：专项融券的券源是由证券公司根据客户的需求，按照固定期限和额度划拨给客户供其专项融券卖出的券源，所以借入的期限一般是有规定的，比如国泰君安有3天期，5天期，7天期，9天期等的期限券，其他券商通常是5天期起借，期限越灵活肯定越好，这样可以及时借了还，避免成本损耗。而普通融券的券源通常是证券公司自营的证券或从其他机构借入的证券。来源不同决定了券源使用的门槛不同，普通的只要开通了融资融券业务的投资者就都可以使用， 但是专项通常还需要在前面基础上再开通专项约券的资格，门槛通常是100万。

交易方式：专项融券需要投资者在信用账户且开通专项头寸权限后先进行“专项融券头寸”申请，审核划拨后方可进行“专项融券卖出”委托。而普通融券只要有信用账户就可以进行“融券卖出”委托。

资金用途：专项融券借入的资金必须专门用于认购新股，不能用于其他股票交易或其他用途。而普通融券借入的资金可以自由支配进行股票交易或其他用途。

证券质押范围：专项融券只有特定的新股可以作为质押品，而普通融券可以用市场上任何一只可融券的股票作为质押品。

交易灵活性：专项融券的期限固定，不可提前归还，按占用计息，使用不计息，算头算尾，占用期间可反复交易，适合策略性交易。而普通融券随借随还，按使用计息，算头不算尾，券源先到先得，适合投机性交易。
总的来说，专项融券和普通融券在融券来源、交易方式、资金用途、证券质押范围和交易灵活性等方面存在差异。投资者在进行融资融券交易时，应根据自己的需求和风险承受能力选择合适的交易方式。