南京确实设有国元证券的营业部，例如位于南京市秦淮区建邺路98号的建邺路证券营业部。如果您想要在南京申请国元证券的低佣金账户，以下是一些建议和步骤：

1. **联系客户经理**：您可以通过国元证券的官方APP或者通过联系客户经理来申请低佣金账户。客户经理通常能够根据您的交易频率和资金规模提供更优惠的佣金费率。您可以在国元证券的官方网站上找到联系方式，或者通过官方APP获取客户经理的联系信息。

2. **线上开户**：国元证券支持线上开户服务，您可以通过下载国元证券的官方APP——国元点金APP，进行7x24小时的线上开户。在开户过程中，您可以与客户经理沟通，协商佣金费率。

3. **准备必要材料**：为了顺利开户，您需要准备好个人身份证件和银行卡。开户过程中，您需要上传身份证照片、填写个人信息、进行风险评估测试、设置交易密码和资金密码，并通过视频认证。

4. **协商佣金**：在开户前与客户经理协商好佣金费率是非常重要的。通常，如果您的资金量较大或者交易频率较高，您可能获得更低的佣金费率。此外，一些券商可能会为新客户提供一定期限的低佣金优惠。

5. **关注优惠活动**：国元证券可能会不定期推出一些优惠活动，比如新客户开户返现、佣金减免等。您可以关注国元证券的官方公告或者询问客户经理，看是否有当前的优惠活动。

6. **确认佣金费率**：在开户成功后，务必确认您的佣金费率是否已经调整到协商的水平。如果有任何疑问，及时与客户经理联系解决。

请注意，佣金费率的调整通常需要在开户前完成，一旦账户开通，再调整佣金费率可能会比较困难。因此，在开户前与客户经理充分沟通，确保您能够享受到最优惠的佣金费率。同时，也要关注券商提供的其他服务，如交易平台的稳定性、投资研究支持等，以确保选择的券商能够满足您的整体投资需求。如果您只是想申请抵用金账户也可以直接点我头像联系我，很高兴为您提供服务。