买基金后确认份额时发现金额少了1000元，可能由以下几个原因造成：

扣取了手续费用：

投资者在买入基金时，会按照成交额收取一定的申购费用。因此，确认金额一般是投资者买入金额和基金申购费之间的差值。申购费率与成交金额成反相关，即成交金额越大，其申购费率可能越低，但具体费率还需根据基金合同及公告确定。

手续费用包括申购费、赎回费、销售服务费等，这些费用会从投资者的投资金额中扣除，导致确认份额后的金额减少。

比例配售：

如果投资者购买的基金遇到比例配售，也会导致其确认金额与其申购金额相比要少一些。配售的比例是限定发售的规模除以募集期内有效申请总金额，再乘以100%。投资者认购申请确认金额等于募集期内提交的有效认购申请金额乘以配售的比例。

在一些热门基金或规模限制的基金中，可能会出现比例配售的情况，导致投资者实际获得的基金份额少于其申购金额对应的份额。

基金净值变化：

基金份额一般是按照基金净值来计算的。如果基金净值在投资者购买后上涨，那么同样的金额能够获得的份额就会变少，但这并不代表投资者的钱少了，只是份额的计价方式发生了变化。

然而，在大多数情况下，基金净值的变化不会直接导致投资者确认份额后的金额立即减少1000元，除非净值发生了非常大的波动。

其他因素：

除了上述原因外，还可能存在其他因素导致投资者确认份额后的金额减少，如基金公司的计算错误、系统问题等。但这些情况相对较少见，且一般会在后续得到纠正。

综上所述，买基金后确认份额发现金额少了1000元，最可能的原因是扣取了手续费用和/或遇到了比例配售。投资者可以查阅基金合同、公告及交易记录等文件，了解具体的扣费标准和配售情况。如果仍有疑问，可以咨询基金公司客服或专业理财顾问。

请注意，基金投资存在风险，投资者在进行投资决策前，应充分了解基金的风险收益特征，并谨慎做出决策。