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一是对A股市场资金的分流。在国内市场增加一个新的板块，对A股市场资金的分流是不可避免的。尤其是这个板块还是科创板，挂牌上市的是科技创新型企业，是中国经济中最具活力的一些企业，这对A股市场资金的吸引力是不言而喻的。虽然科创板将实行投资者适当性管理，这对分流A股市场的资金会起到一定的抑制作用，但机构资金的流出将是没有障碍的，包括管理层也鼓励中小投资者以认购投资基金的方式来投资科创板。可以说，分流A股市场的资金，这是科创板对A股市场最直接的影响。
二是对创业板乃至整个A股市场的估值都会带来一定的挤压。科创板挂牌上市的门槛较之于A股市场来说，将会大幅降低，甚至未盈利的企业也会允许上市。如此一来，科创板公司在挂牌上市之初经过一番炒作之后，其股票的价格将会回归其价值，总体说来，其估值将会低于创业板乃至整个A股市场。这对A股市场尤其是创业板将会构成一定的压力。毕竟创业板本身也是以新兴产业公司为主体，与科创板存在直接的竞争关系。科创板推出受影响最大的就是创业板了。
三是科创板的推出，将会引发A股市场壳资源的进一步贬值。一方面是科创板的上市门槛低了，一些科创型公司也就没有了借壳上市的愿望，与其借壳上市，还不如直接到科创板上市。而且科创板试点注册制，其上市要比目前A股市场容易许多，如此一来，A股市场的壳资源自然也就进一步贬值。另一方面科创板上市门槛低，这些企业上市后也容易出现两极分化，一些差的公司又会进一步沦为壳资源，从而使得市场上的壳资源进一步增多，壳资源也将因此而贬值。

当然，基于证监会负责人在答记者时表示，科创板的设立旨在补齐资本市场服务科技创新的短板，是资本市场的增量改革，将在盈利状况、股权结构等方面做出更为妥善的差异化安排，增强对创新企业的包容性和适应性。这也使得科创板的设立对于A股市场具有一定的积极意义。

比如在制度建设上，科创板可以作为A股市场的试验田。比如降低挂牌上市门槛，允许亏损企业上市，允许同股不同权公司上市，这曾经是管理层多次提出的事情，但由于现行法律法规的限制，以及市场的风险问题，所以这些措施在A股市场始终都没有推出来。如今有了科创板，而且科创板又对投资者实行适当性管理，因此，这些制度上的改革就可以交由科创板来完成。