1.本质区别
　　简单来说，公募FOF是一种基金产品，而基金组合服务则是一种专业的基金投资增值服务。
　　公募FOF与普通公募基金一样，为标准化产品，投资范围以基金公司自有基金产品为主，非自有基金产品为辅。投资者购买公募FOF，就是购买某只FOF基金产品，其依据为《公开募集证券投资基金运作指引第2号——基金中基金指引》。
　　而基金组合服务则为基金投资增值服务，由具备专业资质的第三方金融机构提供，组合中的基金面向全市场，其服务依据《证券投资基金销售管理办法》。
　　2.提供主体
　　以目前国内公募FOF现有的法规来说，公募FOF是由基金管理公司为主体。由于基金管理公司对于自身产品更为了解，因此公募FOF配置的基金产品主要是基金管理公司的自有产品，必要时也会配置其他基金公司的产品。市场上繁多的基金类型和数量，相对于选择单只基金的投资，公募FOF对投资者来说，是一个不错的投资产品选择。
　　而基金组合服务目前由具备专业资质的第三方金融机构提供，在对基金组合服务中的基金选择会基于第三方角度面向全市场的基金，立场客观中立。第三方基金销售机构根据投资者的风险承受能力，提供个性化基金组合服务。
　　3.收费模式
　　公募FOF作为产品，存在管理费、托管费、申购、赎回费等费用，投资本基金公司的基金，是单层收费;投资其他基金公司的基金可能会存在双重收费。