市盈率指标用来衡量股市平均价格是否合理具有一些内在的不足：
（1）计算方法本身的缺陷。成份股指数样本股的选择具有随意性。各国各市场计算的平均市盈率与其选取的样本股有关，样本调整一下，平均市盈率也跟着变动。即使是综合指数，也存在亏损股与微利股对市盈率的影响不连续的问题。
举个例子，2001年12月31日上证A股的市盈率是37.59倍，如果中石化2000年度不是盈利161.54亿元，而是0.01元，上证A股的市盈率将升为48.53倍。更有讽刺意味的是，如果中石化亏损，它将在计算市盈率时被剔除出去，上证A股的市盈率反而降为43.31倍，真所谓“越是亏损市盈率越低”。
（2）市盈率指标很不稳定。随着经济的周期性波动，上市公司每股收益会大起大落，这样算出的平均市盈率也大起大落，以此来调控股市，必然会带来股市的动荡。1932年美国股市最低迷的时候，市盈率却高达100多倍，如果据此来挤股市泡沫，那是非常荒唐和危险的，事实上当年是美国历史上百年难遇的最佳入市时机。
（3）每股收益只是股票投资价值的一个影响因素。投资者选择股票，不一定要看市盈率，你很难根据市盈率进行套利，也很难根据市盈率说某某股票有投资价值或没有投资价值。令人费解的是，市盈率对个股价值的解释力如此之差，却被用作衡量股票市场是否有投资价值的最主要的依据。实际上股票的价值或价格是由众多因素决定的，用市盈率一个指标来评判股票价格过高或过低是很不科学的。市盈率把股价和利润连系起来，反映了企业的近期表现。如果股价上升，但利润没有变化，甚至下降，则市盈率将会上升。一般来说，市盈率水平为：0-13：即价值被低估14-20：即正常水平21-28：即价值被高估28：反映股市出现投机性泡沫股息收益率上市公司通常会把部份盈利派发给股东作为股息。上一年度的每股股息除以股票现价，是为现行股息收益率。如果股价为50元，去年股息为每股5元，则股息收益率为10%，此数字一般来说属于偏高，反映市盈率偏低，股票价值被低估。一般来说，市盈率极高（如大于100倍）的股票，其股息收益率为零。因为当市盈率大于100倍，表示投资者要超过100年的时间才能回本，股票价值被高估，没有股息派发。平均市盈率美国股票的市盈率平均为14倍，表示回本期为14年。14倍PE折合平均年回报率为7%（1/14）。

如果某股票有较高市盈率，代表：
（1）市场预测未来的盈利增长速度快。
（2）该企业一向录得可观盈利，但在前一个年度出现一次过的特殊支出，降低了盈利。
（3）出现泡沫，该股被追捧。
（4）该企业有特殊的优势，保证能在低风险情况下持久录得盈利。
（5）市场上可选择的股票有限，在供求定律下，股价将上升。这令跨时间的市盈率比较变得意义不大。