正如任何新生事物总不能够完美无缺一样，创业板市场也必然要经历一个不断发育、不断完善的过程。在这个过程中，各种问题和风险的出现是必然的，有关方面必须认真关注这些风险并加以应对。归纳起来，创业板市场启动后，可能出现以下十个方面的风险：
(1)新技术、新行业判断的风险。创业板市场将涌现很多新行业、新技术企业。首先，一般的民众，甚至市场专业分析人士都无法真正了解和把握某些行业和技术的未来；其次，有些新行业并不因为新，就已经到了盈利和成长期；再次，高科技并不总是带来丰厚的经济回报。所以就存在着对新行业和有关企业判断正确与否的风险。
(2)预期的风险。投资人投的是企业未来，而一个企业的未来是受经济景气的大环境，受各种政策的变化，受国际格局的演变，受相近行业发展的互动，受企业竞争对手的发展等诸多因素的影响，其预期本质上是不确定的，是隐藏着风险的。(3)创业板市场的企业很难用净资产或市盈率等常规尺度衡量。创业板上市企业大都有无形资产，由于知识产权和商誉等无形资产本身定价的弹性及难以捉摸的性质，使得净资产很难确切地判定。价值判定的多标准、多尺度、高弹性本身就蕴涵着风险。它们又给炒作提供了更大的空间，因而派生出更大的风险。

(1)企业经营参与权的风险。在创业板市场上，可能会有相当多的企业管理者和技术发明人持大股，甚至持绝对控股权。这样一定会降低企业管理的公开性和小股东的参与程度，增加了企业管理的随意性。在主要管理者有较高道德水准和很强决策能力时，会加快企业的发展和提高其效益；反之则容易产生关联交易、决策失误等小股东利益受损的风险。
(2)过度包装风险。主板市场已经存在过度包装的道德风险，然而主板市场毕竟多数是国营企业和大型企业，尚受相当多的约束。创业板市场将涌现大批民营企业，其中可能会有鱼目混珠不道德的企业，在强大的直接利益推动下，抱着上市场捞一把的心态，利用创业板市场较低的上市门槛推出质次价高的上市公司。

(3)操纵市场风险。由于创业板上市企业规模相对较小，而“故事”较多，这就使得一些人较为方便地操纵市场，从中渔利，相对应的则是一般投资人的失利风险。从海外创业板市场发展经验看，创业板市场的股价波动幅度显著高于主板市场。在NASDAQ市场，我们熟悉的国内三大网站(新浪、网易、搜狐）在1999~2004年间都经历过下跌时股价超过90%，上涨时股价涨幅超过20倍的情况。
(4)监管风险。创业板市场的性质和上市企业的特点本身，就给监管部门的监管造成极大困难。许多故意和非故意，恶意或是善意等等，界限很难划定：当风险投资企业未实现预期时，很难清楚地判定它是故意还是非故意；当一项新技术最终证明并不值原先估量的价值，也很难说当初就是恶意估价。这些都对政府的监管也就提出了更高的要求。(5)盲目炒作风险。股市离不开投机，也就离不开炒作。在某些特殊情况下，例如开市初期，就可能爆发失去理智的疯狂炒作。香港创业板初期，数十万人上街排队购买DOTCOM股票，就是典型的盲目炒作。那时股民已经不管上市公司做什么，今后要干什么，收益如何，发展怎样，而是对企业的实质不闻不问，只剩下一个“炒”字，只希望把热山芋扔给下一个人，自己剥一层皮，这样的结局一定是高风险。