首先，功能定位的差别。三板的定位是为解决法人股流通问题而设立的一个交易平台，而新三板是除了拥有此功能之外还有私募融资之功能。

其二，参与的主体上的区别。在三板挂牌交易的公司都是公众公司，而且都是经过合法的公开发行程序，并且符合我国证券发行资质的相关规定而挂牌的公司，而新三板的挂牌公司则是非公众公司，无需经过公开发行程序，只要符合新三板规定的挂牌条件即可。
其三，交易制度的差别。三板的交易制度都是按照主板的竞价系统方式进行配对成交，同时三板也是根据股份转让公司的质量实行股份分类转让制度，根据挂牌公司的净资产情况分别实行每周一次，三次和五次的转让方式，涨停板最高限制为5%。

新三板的交易制度实行券商委托报价和配对成交。一般在新三板成交的的投资者，通常是在线下完成价格磋商后，然后才在新三板系统来完成确认。其交易限额是，新三板交易以3万股为最低额度，并规定对于超过30%公司股份的交易，双方须公开买卖信息。

其四，信息披露的区别。三板的挂牌公司是经过严格的发行上市的公众公司，信息披露也是严格按照首次公开发行上市的相关法律法规的规定要求的执行的。新三板挂牌的公司的信息披露标准则要低于上市公司的标准。