首先，分离交易可转债与普通可转债的本质区别在于债券与期权可分离交易。传统的可转债兼有债性和股性，而分离交易可转债的特点就是实现了债性和股性的分离，其流动性比普通可转债更强。也就是说，分离交易可转债的投资者在行使了认股权利后，其债权依然存在，仍可持有到期归还本金并获得利息；而普通可转债的投资者一旦行使了认股权利，则其债权就不复存在了。
其次，分离可转债不设重设和赎回条款，避免了普通可转债发行人往往不是通过提高公司经营业绩、而是以不断向下修正转股价或强制赎回方式促成转股的发生。
再次，普通可转债中的认股权一般是与债券同步到期的，分离交易可转债则不同。分离交易可转债认股权证的存续期间不超过公司债券的期限，自发行结束之日起不少于六个月。发行后，公司债券和认股权证分别在交易所债券市场和权证市场交易，债券到期偿还本金和支付约定的利息；认股权证可以出售，也可以到期行权.
最后，与普通的可转债相比，其向市场传递的信息也有很大不同。由于我国可转债的条款设计使其更近似于股权融资，使得股权融资与债权融资传递的市场信息混淆，而可分离交易可转债对公司还本付息存在刚性压力，传递的债券融资信息更为明显。