如果您在南京证券机构账户中申购新股但是账户里的资金被冻结了，可能是因为证券公司需要先确认您的认购申请是否获得了配售，以及需要核对您的资金是否充足。通常情况下，证券公司会在新股申购配售后的T+2个工作日内将配售结果通知您。

如果您的新股认购获得了配售，您需要在规定的缴款时间内将认购金额缴纳到证券公司指定的银行账户中。如果您未能在规定时间内缴款，证券公司可能会取消您的认购资格，同时收取相应的违约金。

如果您的账户里的资金被冻结但是您的新股认购并未获得配售，您的资金将在T+2个工作日内解冻并退回您的账户中。

如果您有进一步的疑问或需要帮助，建议您及时联系南京证券机构的客服部门，他们会提供更详细的解答和帮助。
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