一是直接退市，不再像主板要求必须进入代办股份转让系统，创业板公司实施直接退市，退市后如符合代办股份转让系统条件，可自行委托主办券商向中国证券业协会提出在代办股份转让系统进行股份转让的申请。
二是针对创业板公司的风险特征，增加了更为严格的退市标准，在主板退市标准基础上，对出现下述情形的公司也将启动退市程序：1）被会计师事务所出具否定意见或无法表示意见的审计报告的财务会计报告，且在规定期限内仍不能消除的；2）会计报表显示净资产为负，而未能在规定期限内消除的；3）股票连续120个交易日累计成交量低于100万股，限期内不能改善的。
三是为提高市场运作效率，创业板将对三种退市情形启动快速退市程序：1）对于未在法定期限内披露年度报告或中期报告的公司，最快退市时间从主板的六个月缩短为三个月；2）对净资产为负的，暂停上市后根据中期报告而不是年度报告的情况来决定是否退市；3）财务会计报告被出具否定或拒绝表示意见的审计报告的创业板公司，暂停上市后也是根据中期报告而不是年度报告的情况来决定是否退市。
此外，在主板市场，允许被实施退市风险警示和其他特别处理公司，在完成重大资产重组后即可向交易所申请撤销退市风险警示或其他特别处理。创业板则取消了上述相关规定。