一是业务载体不同。沪港通是以两地交易所为载体，互相建立起市场连接，并对订单进行路由，从而实现投资者跨市场投资。QFII等是以资产管理公司、证券经营机构等机构投资者为载体，通过向投资者发行金融产品吸收资金以进行投资。

　　二是投资方向不同。沪港通包含两个投资方向，分别是香港投资者投资上交所市场的沪股通，以及内地投资者投资香港市场的港股通。QFII等则都是单向的投资方式。

　　三是交易货币不同。不论是内地投资者还是香港投资者通过沪港通买卖股票应当以进行清算交收；QFII从其客户募集的资金或与其客户的清算交收可以以美元等外币进行。

　　四是跨境资金管理方式不同。沪港通对资金实施闭合路径管理，卖出证券获得的资金必须沿原路径返回，不能留存在当地市场；QFII等买卖证券的资金可以留存在当地市场。