短债基金的风险等级为中低风险，比货币基金风险要高。相比货币基金，短债基金可以投资期限更长的债券，持有债券比例也更高，因此风险也更高，货币基金相对安全一些。
相比短债基金，货币基金对投资品种的流动性要求更高，持有的债券期限更短，预期收益更低，债券持有比例也没短债基金那么高，因此货币基金的预期收益率一般比不过短债基金。
根据数据统计，今年来短债基金的平均预期收益率有3.89%，而货币基金的平均预期收益率为2.68%，显然短债基金的预期收益要高过货币基金。
短债基金的流动性没有货币基金好。以赎回时间举例说明，货币基金支持随时赎回，赎回到账时间为T+0日到账或者T+1日到账。而短债基金赎回到账时间一般为T+1日到账，如果是在支付宝或者银行这样的代销平台买的，赎回到账时间有时候还要晚一些，可能T+2日或者T+3日才到账，具体要根据银行的划账时间决定。因此，货币基金的流动性比短债基金要好。
投资者可根据自身情况进行投资。