首先沪市和深圳是依照证券市场所在地不同区分的，上海证券市场简称沪市，深圳证券市场简称深市。其他还有一些区别汇总如下：
1、沪市的股票目前全部都是主板上市公司的股票，起初的沪市股票和深市股票有一些明显区别，如沪市主板上市公司规模都比较大，以银行、保险及能源、资源股等大型国有企业为主；而深市主板则以房地产、化工、科技等为代表。但后续随着市场发展深市主板和沪市主板这种代表性已经逐渐模糊。
2、股市结构和股票代码不同。沪市是单一的主板，上海股票代码为“6”开头的，也就是说6开头的股票全部都是的上海股票，都为主板上市。最开始只有600，后来逐渐新增了601和603开头的股票。上海B股代码是以900开头，新股申购的代码是以730开头，配股代码以700开头。而深圳股票主板的代码为“000”开头但和沪市不同深市除了主板还有，“002”开头的中小板，和“3”开头的创业板；深圳B股代码是以200开头，新股申购的代码是以00开头，配股代码以080开头。权证：沪市是580打头，深市是031打头。
3、相应构成的指数不同。上证指数是加权指数，深证指数是成份指数。