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国债逆回购是收手续费的。因为，国债逆回购是不收取印花税、证管费、经手费、过户费。因此，国债逆回购的手续费只有佣金。按照国债逆回购的交易品种的不同，会有不同的佣金手续费用。
例如：1天逆回购标的收取投资资金的0.001%手续费；2天逆回购标的收取投资资金的0.002%手续费；3天逆回购标的收取投资资金的0.003%手续费；4天逆回购标的收取投资资金的0.004%手续费；7天逆回购标的收取投资资金的0.005%手续费；14天逆回购标的收取投资资金的0.01%手续费；28天逆回购标的收取投资资金的0.02%手续费；91天逆回购标的收取投资资金的0.03%手续费；182天以上逆回购标的收取投资资金的0.03%手续费，就表示0.03%是封顶最高的手续费。并且，上海交易所和深圳交易所的国债逆回购的佣金手续费用规定是相同的。
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