首先是运营风险。新三板挂牌公司集中于高新技术企业，技术更新较快，市场反应灵敏，对单一技术和核心技术人员的依赖程度较高，这在本质上决定了其变动性较大。此外，新三板企业通常规模不大，而且其主营业务收入、营业利润、每股净收益等财务指标远低于上市公司，抗市场和行业风险的能力较弱。

信息透明度不可忽视。挂牌公司的信息披露标准低于上市公司，投资者基于披露的信息对挂牌公司的了解有限。而这种信息不对称很容易造成投资者判断失误。

另外，信用风险也值得注意。虽然股权报价转让过程有主板券商的督导和协会的监管，但仍无法避免中止交易的风险，影响投资者的预期收益。特别需要注意的是，股份报价转让并不实行担保交收，可能因为交易对手的原因而导致无法完成资金交收。