（一）筹资的性质不同
债券的发行主体可以是政府、金融机构或企业（公司）；股票发行主体只能是股份有限公司。
债券是一种债权债务关系证书，反映发行者与投资者之间的资金借贷关系，投资者是债权人，发行债券所筹集的资金列入发行者的负债；而股票是一种所有权证书，反映股票持有人与其所投资的企业之间所有权关系，投资者是公司的股东，发行股票所筹措的资金列入公司的资本（资产）。
由于筹资性质不同，投资者享有的权利不同。债券投资者不能参与发行单位的经营管理活动，只能到期要求发行者还本付息；股票持有人作为公司的股东，有权参加股东大会，参与公司的经营管理活动和利润分配，但不能从公司资本中收回本金，不能退股。
（二）存续时限不同
债券作为一种投资是有时间性的，从债券的要素看，它是事先确定期限的有价证券，到一定期限后就要偿还。股票是没有期限的有价证券，企业无需偿还，投资者只能转让不能退股。企业惟一可能偿还股票投资者本金的情况是，如果企业发生破产，并且债务已优先得到偿还，根据资产清算的结果投资者可能得到一部分补偿。相反的，只要发行股票的公司不破产清算，那么股票就永远不会到期偿还。
（三）收益来源不同
前面已经讲过，债券投资者从发行者手中得到的收益是利息收入，债券利息固定，属于公司的成本费用支出，计入公司运作中的财务成本。在进行债券买卖时，投资者还可能得到资本收益。
对于大多数债券来说，由于在它们发行时就会定下在什么时间以多高的利率支付利息或者偿还本金，所以投资者在买入这些债券的同时，往往就能够准确地知道，如果自己持有债券到期的话，未来受到现金的时间和数量。相反，卖出这些债券的投资者也会清楚地了解，由于卖出债券而放弃的未来现金收入。由于这一原因，债券投资一直深受固定收入者的喜爱，如领退休金者、公务员等等。
股票投资者作为公司股东，有权参与公司利润分配，得到股息、红利，股息和红利是公司利润的一部分。在股票市场上买卖股票时，投资者还可能得到资本收益。事实上，股票投资者中很大一部分投资的目的并不是着眼于得到股息和红利收入，而是为了得到买卖股票的价差收入，即资本收益。
而且，有过投资股票经历的投资者大都会体会到股票投资的最大特点，就是其价格和股息的不确定性，这也是股票投资的魅力之一。由于股息取决于股份公司的获利情况，这是投资者所无法控制的。而且就算公司获得盈利，是否进行分配也需要召开股东大会来决定，未知因素很多，因此股票价格波动比较频繁。
（四）价值的回归性（recursive）
债券投资的价值回归性，是指债券在到期时，其价值往往是相对固定的，不会随市场的变化而波动。例如，对于贴现债券来说，其到期价值必然等于债券面值；而到期一次还本付息债券的到期价值，必然等于面值加上应收利息。
但是股票的投资价值依赖于市场对相关股份公司前景的预期或判断，其价格在很大程度上取决公司的成长性，而不是其股息分配情况。我们经常可以看到，一个股息支付情况较好的公司，其市盈率也较低。而且从理论上讲，一只股票的价格可以是0到正无穷大之间的任意值。
股票投资的价格计算基于市盈率和该支股票的每股收益，而债券投资的价格计算则是基于该支债券的未来各期现金流以及相对应的贴现率。
※例：两种投资方式的比较
Peter把自己的闲余资金分别投资在股票和债券两个市场，某一个星期一，他发现他持有的一只股票价格上涨到了16元，原因是该股票发行公司的年报显示其每股收益达到了1.00元，Peter根据市场的平均20倍市盈率，判断该股票的价值应该在20元左右，因此选择了继续买进。
当天，一只剩余期限还有5年的固定利率债券的价格涨到了106元，Peter按照固定利率债券到期收益率的计算公式发现这只债券的到期收益率只有2.700%。Peter觉得已经涨到顶了，因此选择了卖出所持有的这支债券。
我们可以看到，股票和债券由于其本质上的区别，其投资策略决定是完全不同的两个过程。
（五）风险性不同
无论是债券还是股票，都有一系列的风险控制措施，如发行时都要符合规定的条件，都要经过严格的审批，证券上市后要定期并及时发布有关公司经营和其他方面重大情况的信息，接受投资者监督。
但是债券和股票作为两种不同性质的有价证券，其投资风险差别是很明显的。且不说国债和投资风险相当低的金融债券，即使是公司（企业）债券，其投资风险也要比股票投资风险小得多。主要原因有两个：
1、债券投资资金作为公司的债务，其本金和利息收入有保障。
企业必须按照规定的条件和期限还本付息。债券利息作为企业的成本，其偿付在股票的股息、红利之前；利息数额事先已经确定，企业无权擅自变更。一般情况下，债券的还本付息不受企业经营状况和盈利数额的影响，即使企业发生破产清算的情况，债务的清偿也先于股票。
股票投资者作为公司股东，其股息和红利属于公司的利润。因此，股息与红利的多少事先无法确定，其数额不仅直接取决于公司经营状况和盈利情况，而且还取决于公司的分配政策。如果企业清算，股票持有人只有待债券持有人及其他债权人的债务充分清偿后，才能就剩余资产进行分配，很难得到全部补偿。
2、债券和股票在二级市场上的价格同样会受各种因素的影响，但二者波动的程度不同。
一般来说，债券由于其偿还期限固定，最终收益固定，因此其市场价格也相对稳定。二级市场上债券价格的最低点和最高点始终不会远离其发行价和兑付价这个区间，价格每天上下波动的范围也比较小，大都不会超过五元。正因为如此，债券“炒作”的周期要比股票长，“炒作”的风险也要比股票小得多。
股票价格的波动比债券要剧烈得多，其价格对各种“消息”极度敏感。不仅公司的经营状况直接引起股价的波动，而且宏观经济形势、市场供求状况、国际国内形势的变化，甚至一些空穴来风的“小道消息”也能引发股市的大起大落，因此股票市场价格涨落频繁，变动幅度大。