有盈利就会有操作风险，虽然套利的风险比较低，但是总是存在风险的，而成功的投资就是来源于对风险的认识和把握，正确的分析评估风险的来源，可以帮助投资者做出正确的决策和投资。常见的套利风险有以下几种：
①价差往不利方向运行。期货价差的运行方向直接决定了进行套利的盈亏程度，如果一次套利机会价差不利运行可能造成的亏损是200点，那么价差向有利方向运行的可能盈利就是400点，这样的操作套利机会就应该积极的把握。所以在操作过程中要设置止损位，并严格的执行。
②交割风险。主要指的是期限套利时能否生成仓单的风险，而且在做跨期套利的仓单有可能被注销重新检验的风险，投资者在操作中要注意这样的交割风险，做出详细周密的计算，降低风险获得更大的收益。
③极端行情的风险。是指出现极端的行情，比如说的暴跌或者是暴涨，交易所可能会强制平仓的风险。随着期货市场的日益规范，可以通过套期保值的方法来规避这一风险，来保障自身的收益。