您好！在南京办理期货开户，线上线下都可以。线上开户通过期货公司APP，不受地域限制，方便快捷。线下开户则需前往期货公司在南京的营业部。至于选择哪个期货公司办理开户安全，只要是正规的期货公司都有保障。正规期货公司在证监会官网有备案，您可以查询。

以下是一些选择期货公司的参考因素：
1. 公司实力：选择规模较大、信誉良好的期货公司，如中信期货、国泰君安期货、银河期货等。
2. 交易通道：主流交易系统CTP通道，交易稳定，下单速度快。
3. 手续费：不同期货公司的手续费标准不同，您可以在开户前与期货公司协商，争取较低的手续费。
4. 服务质量：期货公司的服务质量也很重要，包括投资咨询、风险控制、交易培训等方面。

总之，选择期货公司时，您需要综合考虑多方面因素，选择适合自己的期货公司。同时，在开户过程中，您需要仔细阅读相关协议和风险揭示书，了解期货交易的风险和规则。

以上是问题的解答，因为回答字数有限，不一一例举，如果对此不明白的，可以直接添加微信好友或者拨打电话咨询，24小时在线，欢迎免费咨询。