理论上期货价格是市场对于未来现货市场价格的预估值，而现货价格与期货价格之间的联系则用基差来表示。国债期货的基差指的是用经过转换因子调整之后期货价格与其现货价格之间的差额。国债的期货现货套利策略,本质上则是对于基差的预期变化进行交易。
国债期货交割的时候期现基差是0，因此如果市场上出现负基差，就可以做多基差，如果在后续交易中出现正基差，可以平仓获利，或者持有至交割，获取基差的利润，这是基差交易的基本思路。
基差交易的利润来源于持有期收益和基差变化。基差交易是利用基差的预期变化，在国债现货和期货市场同时或者几乎同时进行交易的交易方式。买入基差或者基差的多头就是买入现货国债并卖出相当于转换因子数量的期货合约；卖出基差或者基差的空头则恰恰相反，指的是卖空现货国债并买入相当于转换因子数量的期货合约。
基差的多头从基差的扩大中获取利润，如果国债净持有收益为正，那么基差的多头还可以另外获得该持有收益；基差的空头从基差的缩小中获取利润，如果国债净持有收益为正，那么基差的空头会损失该净持有收益。
相较于其他品种，国债期货最大的特殊性在于其现货标的由多只可交割债券决定，而其他金融期货一般只有一个现货标的，这就决定了为投资者所熟知的期现套利策略可以在国债期货的多只可交割债券上运用。在多只可交割债券上运用的期现套利，其收益机会来源不再是简单的由投资者情绪造成的二级市场期现价格的错杀，由于国债期货跟踪标的会在一篮子可交割券中变动，也就是最便宜可交割券(下简称CTD券)会发生变动，这使得国债期货期现套利有更丰富的收益机会。
市场投资者一般把这种在国债期货运用上延伸了的期现套利称为基差交易策略，可以说基差交易是更广泛意义上的期现套利，期现套利只是基差交易中的一种特殊情况。